Ubaque se encuentra a 1.867 msnm con un clima promedio de 18 °C y en las estribaciones de tres cerros: El Guayacundo, el Quinto (Güinto) y el San Pedro. Lo atraviesa los ríos El Palmar y el Negro.

La topografía de Ubaque, como casi en toda la provincia de Oriente, es montañosa.La circundan los páramos del Parque Nacional natural Chingaza y el eje vial que conduce de Bogotá a Villavicencio. Ubaque posee gran riqueza en biodiversidad, gracias a la variedad de climas. Hay problema de deforestación en la zona del Páramo lo que puede tener impacto para el abastecimiento futuro de agua.Hay peligro de rompimiento de la corteza terrestre por falla geológica: Ubaque está dentro de la Falla Tectónica de Quetame, lo que la ubica dentro de las zonas de alto riesgo y vulnerabilidad. Los límites del municipio:al Norte Municipio de Choachí, al Oriente Municipio de Fómeque, al Sur Municipios de Cáqueza y Chipaque, al Occidente Bogotá, D.C.

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